孟山都经常被全球反对者描述为十恶不赦的邪恶资本主义代表，批判它历史上制造过多氯联苯以及美军在越战中使用的“橘剂”，1980 年代以后更致力于创造基改种子与其农药相搭配，成为反基改团体的眼中钉，支持小农团体更认为，孟山都的农药搭配基改种子的种植方式，是欺压小农的“邪恶资本家打手”，当孟山都与拜耳世纪联姻，反对者大惊失色，因为他们眼中两家“邪恶”的超巨大公司竟然还结合成人类最大的农药与种子企业。
现在反对孟山都团体又有了最新的圣战题材，那就是孟山都宣布将结合人工智能来开发新产品，孟山都这家基改巨兽，与拜耳结合，已经如虎添翼，现在还加上“天网”的力量，那还得了？当然，这些是阴谋论者的想像，孟山都本身不认为自己在进行什么邪恶的阴谋，2017 年 6 月，孟山都发表将结合原本研究新药开发领域的人工智能新创事业原子智慧（Atomwise），双方结为研究同盟，加速研发新的农药。
Atomwise 由多伦多大学创投影响中心（University of Toronto Impact Centre）辅导创业，原名 Chematria，之后由硅谷育成机构 Y Combinator 辅导，Atomwise 目前有 10 名员工，总募资金额达 630 万美元。合作对象包括药厂默克（Merck）等。其首席执行官亚伯拉罕海费（Abraham Heifets）曾表示，开发一颗新药需要耗时 12 年，耗资 29 亿美元，若是透过人工智能先排除许多最终没有成果的尝试，可节省冤枉钱，并加速整个研发过程，这是 Atomwise 最初创业所瞄准的利基。
新药开发成本的确快速飙涨，2003 年时杜夫药物发展研究中心（Tufts Center for the Study of Drug Development）估计每颗新药的研发成本约为 8.02 亿美元，到 2014 年估算平均每颗新药开发费用已高达 25.58 亿美元，比起 2003 年的估计暴增近 2.5 倍，但是《富比士》访查 98 家药厂后所算出的开发成本还要更高。
由于大部分新药最后并不能成功上市，一药成名的幸运新创事业的研发费用并不能代表风险平均之后的实际成本，因为其他开发失败的一药公司倒闭并不会算在成功幸运新创公司的损益表上头，推出多颗新药的大药厂，其新药研发费用分摊了失败药物，较接近真实成本，《富比士》统计大药厂每颗新药的研发费用高达超过 50 亿美元以上，已推出最多新药的娇生（Johnson & Johnson）而言，每颗新药成本平均为 52 亿美元。
Atomwise 利用算法，去从无数可能的化学分子结构中，找出有机会对特定疾病的相关蛋白质发生作用的化学结构，并可评估药性与毒性，研究者再从这些筛选过的有机会成分中，去找出可能的新药，可少走许多冤枉路，2014 年西非埃博拉疫情爆发，Atomwise 利用其算法快速找出可能有效的分子，最后从中发现有 2 种化学成分能抑制埃博拉病毒。
Atomwise 除了与母校多伦多大学合作研究埃博拉病毒，其他医药研究项目还包括肉毒杆菌毒素解毒剂、疯牛病、脑癌、白血病、多发性硬化症、困难梭状芽孢杆菌等，Atomwise 表示，像多发性硬化症这种罕见疾病，由于没有大量患者病例可供测试研究，因此人工智能算法的电脑模拟就更加重要。Atomwise 于 2017 年 4 月大方分享其人工智能分子筛选系统（Artificial Intelligence Molecular Screen，AIMS）给美国与加拿大各大学研究者。
不只是人用的药物研发旷日废时，农药也是，孟山都表示平均每款农药要花上 11 年的研发时间，成本高达 2.5 亿美元，既然 Atomwise 的人工智能深度学习算法能加速寻找有效化学成分，孟山都希望也能拿来加速农药的研发，好从上百万种可能的化学分子中，找出有机会发展为农药的成分，于是成为第一家与 Atomwise 合作的农药企业。
Atomwise 的 AtomNet 分析化学结构如何交互作用，利用深度学习来判断化学分子如何治疗植物病害，或是杀死害虫，结合孟山都既有的研发流程，可应用在农业的各层面。
孟山都表示，全球人口持续成长，要喂饱全世界人类将是一项艰钜挑战，因此人工智能不仅要用来发展新药治疗疾病，也要拿来对抗作物的病虫害，才能确保食物供给，让全世界填饱肚子。孟山都采用人工智能的理由可说冠冕堂皇，不过阴谋论者会怎么看，那就又是另一回事了。
- Monsanto and Atomwise Collaborate to Discover New Crop Protection Options Using Artificial Intelligence Technology
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（首图来源：孟山都）
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