美国 FDA“孤儿药资格”（Orphan Drug Designation）是源自 Orphan Drug Act（ODA），乃美国国会基于保障在美国罹病人数低于 20 万疾病的病患能有药可医治而提出的鼓励措施，凡获得孤儿药资格新药，给予临床试验支出抵税和减免处方药使用者费用（Prescription Drug User Fee），以及最后获准上市，如果该药厂可证明新药比其他相同适应症疗法的临床效果更佳时，有机会获得 7 年市场专属期。
TrendForce 生技产业研究副理刘适宁指出，孤儿药资格实施以来的确嘉惠众多罕见疾病病患，但也有漏洞和被滥用的争议，最主要漏洞之一为获得孤儿药资格的新药可豁免儿童族群的临床试验。长年来，孤儿药资格允许授予常见疾病中的儿童族群为目标适应症的新药，借此鼓励儿童用药发展。然而，因后来立法的 Pediatric Research Equity Act（PREA），获得孤儿药资格新药或以儿童族群为适应症标的获得孤儿药资格时，反而可豁免 PREA 的要求，而无需进行以儿童族群为研究对象的临床试验，此意料外的效应，反可能让儿童用药研究数量下降，与 PREA 立法目的相违背。
美国 FDA 已于 2017 年 12 月 19 日发布“Clarification of Orphan Designation of Drugs and Biologics for Pediatric Subpopulations of Common Diseases”指引草稿，拟透过行政手段填补此漏洞。基于指引草稿推出的具体措施为，将儿童孤儿药资格的适用范围从一般疾病的年龄，切割缩减为药厂需证明该疾病发生在成人或儿童实质上为不同的疾病，或此儿童族群已在罕见病患族群的范围。
孤儿药另一个滥用争议，为该资格被药厂广泛用来利益极大化其独占市场，诸多销售额庞大的药品其实曾获得孤儿药资格；进一步言之，自 1983 年以来，核发超过 600 个孤儿药资格，其中约 70 款具孤儿药资格的药品被美国 FDA 核准的第一适应症病患族群其实相当庞大，例如治疗高类固醇的 Crestor、精神病药物 Abilify、用于诸多自体免疫疾病的 Humira 与癌症药物 Hercptin 等。
此外，一些癌症标靶药物以一些生物标记将目标癌症适应症范围缩小至某些亚型而取得孤儿药资格，例如 Iressa（EGFR exon 19 deletions or exon 21 substitution 的移转性非小细胞肺癌）、Tagrisso（EGFR T790M mutation-positive 的移转性非小细胞肺癌）等，尤其现在越来越多以基因表现或变化为生物标记，科学上的进展也造就孤儿药资格申请量逐年攀升。
基于以分子标记界定疾病范围的议题高度复杂，并涉及科学和法规等不同层面，美国 FDA 局长 Scott Gottlieb 仅表示，为了因应越来越多标靶药物提出孤儿药资格申请，将会举办公开会议搜集相关建议，以确保后续美国 FDA 对孤儿药资格的核发、诱因与政策，可与国会当初立法的目的一致。美国 FDA 现在孤儿药的审查政策先朝向给予更有效率的保障来发展，透过组织与流程的改善，对孤儿药资格的申请案力求 90 天内给予答复，以利节省孤儿药开发的时程与时间。
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