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CRISPR 除了能剪辑基因,还能当记录器?

2024-11-24 208

CRISPR 在近几年时常出现在新闻的版面,因为它具有剪辑基因的强大功能,甚至在科学界掀起不小的波澜。然而来自哈佛大学的一个小团队却挖掘出 CRISPR 的另外一面:除了剪辑外,在细菌体内竟然还能充当记录装置,说明细菌在何时何地曾受到不同病毒的攻击。此篇论文已发表在《Science》杂志上。

在详细说明他们惊人的发现时,我们先大致了解 CRISPR 原先的主要功能:就像人类一样,细菌也有自己引以为傲且非常特别的免疫系统──CRISPR/Cas 编辑系统。此系统包含两个部分,CRISPR 指的是一段排列非常奇怪的 DNA;而 Cas 指的是一种核酸酶。当病毒来犯时,细菌会使用这项武器将敌人的一些 DNA 小片段切下来并装载在自己的基因体上。当同种病毒再次攻击时,它就能比对基因体上那段序列,使用 Cas 核酸酶将病毒的 DNA 剪断。

而这群研究者发现,嵌在基因体上的这些外来的小片段然有高度的次序性,这可能代表着这些片段为病毒的侵略事件提供一个详实的纪录。

为了一窥这段被侵略的历史,也为了证明他们的推测所言不虚,他们必须将基因体定序。他们使用了一种简化版的 E.coli,它们仍保留剪断 DNA 片段所需的酵素 Cas1 和 Cas2,但没有其他具功用的免疫系统。然后他们直接将这些菌放置在一个充满不同 DNA 片段的环境里一段时间,让这些 E.coli 可以撷取这些片段并迁入到自己的基因体中,最后直接定序看结果。

结果不出所料地证明他们的论点是正确的,且他们更进一步地发现转入修订版本的 Cas1 和 Cas2 的 E.coli 甚至可以做出不同的记录模式。

接下来他们希望可以制造出能记录特定环境下不同微生物的细菌感测器,让这项崭新的发现可以在一些应用领域,例如土壤测试、分析人类肠道微生物群落甚至是大气感测等。不管成真与否,唯一能确定的是:CRISPR,这套细菌的秘密武器,将继续吸引更多科学家的目光。

  • Using CRISPR as a recording device

(首图来源:By Deposition authors: Mulepati, S., Bailey, S.;visualization author: User:Astrojan [GFDL or CC BY 3.0], via Wikimedia Commons)

2019-03-15 19:31:00

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