我们都知道 DNA 定序很重要,它可以让科学家找出疾病的原因、寻求非人为因素肥胖的疗法、研发新药时也可以跳过很多实体实验的程序,但问题是现有科技只能以花费数小时甚至数天的时间,为短短一小段 DNA 定序,成本偏高。不过一款新开发出的“随身碟”,只要滴上一滴样本它就可以帮你定序,比传统的方法更快、更便宜,大幅改变了基因与遗传学相关领域的研究方法。
传统方法耗时费工
面对成百上千个碱基对组成的基因,过去的定序方法是先找来上千个样本,把它们捣碎,个别将碎片里的碱基对定序,再用软件做精细的比对,透过碎片间重叠的部分确认排列的先后次序,如此就能重组出原来的顺序。这个方法可以确保结果正确无误,但必须要有足够的“确认程序”,才不会让样本碎片重组的过程中发生接错的情形,相对来讲就是耗时费力。
新的定序法称做“奈米孔定序法”(Nanopore Sequencing),可以一次处理长串的 DNA ,也能够精确定序许多重复的碱基对。这款叫做 MinION 的产品,长得就像一个较大的随身碟,而它的基本配备需求却很简单:一台电脑,要有 USB 埠。
运作原理
使用者先滴一滴样本到 MinION 的芯片上,那里有许多毛细孔,里面装有许多薄膜。接着一种酵素把 DNA 的双股拆开,并让其中一股插入只有几奈米宽的毛孔中。装置上的电极制造一束离子流,并使它流过毛孔。当碱基通过毛孔,会阻挡离子、中断离子流,此时装置将把离子流被中断的过程纪录下来。
接着电脑预先安装的软件会开始分析纪录下来的电子讯号。因为不同碱基阻挡离子时会形成不同的电子讯号,代表它们将容易被辨识出来。当 DNA 如长长一串绳子慢慢通过毛孔时,上面的碱基顺序就会一一辨识出来。
▲离子流通过毛孔,当不同碱基阻挡离子流形成不同的电子讯号,经侦测接收加以辨识,便可知道是属于哪一种碱基。
刚刚提到酵素会把 DNA 双股拆开,你可以想像 DNA 双股在这个时候是一条从中间用手提起来的绳子,手指捏住的部位像是爱车人士最熟悉的“发夹弯”,发夹弯其中一边正在通过毛孔,等到一边完全通过后,另一边会从相反方向继续通过毛孔,如此全部碱基都可以定序。
基因定序方法的革命性进步
现在进行基因定序,可以说是掌握在少数厂商手里的独占事业,费用也很高,不过 Oxford Nanopore Technologies 开发的这款“随身碟”使用便利、携带方便,价格则约900美元。只要不到3万元台币就可以做基因定序,不单全球各大小研究机构,连老百姓有钱没地方花,都可以买一个随身碟回家自己玩到爽。
Oxford Nanopore Technologies 将参加今(22)日起一连五天在美国波士顿举行的“2013年美国人类遗传学协会(American Society of Human Genetics, ASHG)年会”。虽然现阶段 MinION 一次只能读取7万个碱基对,听起来好像不够多,但比起传统的做法还是快得多了,而且既然是商业化的产品,未来一定会推出二代、三代,继续从研究机构的口袋中掏钱,虽然感觉上有些无良,但对科学研究的贡献仍然是不可磨灭的。
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