NGS 临床应用规范标准化，台湾基因检测产业该何去何从？

基于多个国家推动精准医疗或基因体计划以及基因定序的价格越来越低，随之而来所建立的庞大基因数据数据库一个很重要的用途，是为便于后续定序的突变基因位点分析与比对，而这段需要生物资讯协助的应用与需求，却一直没有公认的标准可以遵循，大多参照学术研究的方法来进行分析，而在临床应用时，判读责任则由医师承担。

自 2016 年起 FDA 就尝试针对 NGS 后端数据分析应用举行多场公听会及研讨会，试图从法规科学的监管角度，拟定对于产业有帮助的监管条例。FDA 在最新公告的产业指引中，包含将针对基因变异数据库的运用有新的措施，如下所述：

1. FDA 公告的 NGS 临床应用指引（注）中，显现出 FDA 正尝试建立 NGS 检测结果的分析标准，针对以 NGS 技术为基础的体外诊断（IVD）产品、服务、设计、开发与分析验证，提供验证 NGS 检测的建议；同时鼓励厂商积极参与标准制定组织，以加速制定出 NGS 临床应用的相关标准。
2. FDA 借由与 NIH 合作建立高品质的公开基因变异数据库 ClinVar 与 ClinGen（进行中的 Program），以提供公开并具有公信力的基因数据库，并允许产业使用来自 FDA 认可的基因变异公共数据库，用于测试产品的临床有效性。
3. 此外，FDA 创建了 precisionFDA 网络云端平台，这是一个建置于云端的生物资讯研究及新分析方法开发的入口网站，主要在吸引全球各地的分析方法及分析工具在这网站上共享，以测试、验证 NGS 现有生物资讯分析方法。

反观台湾医疗服务市场，早在这一波精准医疗计划风潮之前，就已经将基因检测运用在临床服务中，供医师及受检者自由选择应用。而目前台湾大多数基因检测服务厂商，多着眼于健康检查及疾病基因筛检，尤以癌症为主，另一部分的主流检测产品，则着眼于怀孕前检测应用及非侵入性产前染色体检测。归纳表针对各厂商提供服务、实验室状态、分析实验室有无，评析如下：

1. 实验室状态：由于分子诊断，包含核酸芯片（NA Chip）及 NGS 技术，对于检体品质要求很高，公司是否能借由标准化流程掌握实验室状态，临床检验流程是否能获得认证（如：TAF 认证、ISO 及 CAP 等）进行归纳；这些认证代表了实验室操作品质稳定的认可，与对于出具给医师参考的定序结果负责任的表现。
2. 分析实验室：观看公司是否有能力处理大量 NGS 数据，因为使用 NGS 定序之后，所产生的数据量极大，例如以 NGS 对单一个人的全基因体所产出的基因定序数据就有 TB 级的资料，若没有配置一定的生物资讯及资讯工程人才，包含自 NGS 机器下载的定序数据、序列资讯重组、变异数据库比对、相关分析等流程，目前是无法自动化进行的。
3. 提供的服务项目，经归纳为 5 类，主要分为：健康检查、临床诊断检测、伴随式诊断、用药后追踪、妇幼专科应用等。

集邦科技资深产业分析师蔡尚燐表示，预期未来 NGS 产业竞争的关键，将会是基因数据库的累积与其挖掘基因变异与临床应用的能力，故美国 FDA 已逐渐将 NGS 的监管标准逐一订定。然而，台湾多数基因检测厂商仍着眼于直接对客户服务（Direct to Consumer）的模式，一来这种商业模式主要仰赖劳力密集；再者，服务型产业无法深度挖掘定序后基因数据中珍贵的癌症基因突变组合（Gene Panel），主因在于在这模式当中，病患数据的可利用性并非合乎人体试验伦理规范下取得，更别说要将这些基因定序数据在临床上合理运用。在研究基础不一致的情况下，分析与验证缺乏坚实的科学基础，要将之转换成产品，恐难通过法规单位的验证门槛。

所幸，台湾仍有众多优质临床与基因数据库储存在学术单位及临床研究中心，然而这些数据库的运用目前尚有人权议题的阻碍，这将会是本土基因检测厂商与政府单位需要共同克服的门槛，也将会是台湾生技业是否真能在全球精准医疗浪潮中占有一席之地的关键。

▲ 台湾基因检测服务厂商归纳表（◎ 代表为该公司的主力服务项目；▲ 代表该公司能够提供的服务；─ 代表该公司较少着墨的部分）。（Source：公开资料、TrendForce 整理）

注：

• Use of Public Human Genetic Variant Databases to Support Clinical Validity for Genetic and Genomic-Based In Vitro Diagnostics.
• Considerations for Design, Development, and Analytical Validation of Next Generation Sequencing (NGS)–Based In Vitro Diagnostics (IVDs) Intended to Aid in the Diagnosis of Suspected Germline Diseases.

（首图来源：shutterstock）

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